SMK Dwija Praja, dulunya merupakan STM Dwija Praja Kota Pekalongan. Sejak regulasi baru dimana semua sekolah kejuruan harus memiliki nama SMK, maka STM Dwija Praja Kota Pekalongan juga berubah nama menjadi SMK Dwija Praja Kota Pekalongan.
SMK Dwija Praja berada di bawah Yayasan Pendidikan Dwija Praja, dimana yayasan ini memiliki saudara sekandung yakni SMK Media Kota Pekalongan yang beralamat sebelah utara SMK Dwija Praja tepatnya di jalan Sriwijaya, Bendan, Pekalongan Barat.
Selama usianya SMK Dwija Praja telah dipimpin oleh beberapa Kepala Sekolah seperti Bpk. Drs. Zulkarnen, Ibu Drs. Herty Hindiyati, Bpk. Drs. Edy Setiono, Bpk. Soegiarto, S.Si., Apt dan Bpk. Kadaryono, S.Pd (sekarang)
Adapun kompetensi keahlian yang ada di sekolah ini antara lain; Teknik Pengelasan, Teknik Kendaraan, Teknik Instalasi Tenaga Listrik, Teknik Informasi dan Komputer (Multimedia), dimana keempat kompetensi ini telah diakreditasi dengan grade B